Tinggalah sepasang suami dan istri yang bernama Ki Hajar dan Nyai Selakanta. Mereka berdua menetap di desa bernama Ngasem. Desa tersebut terletak di antara Gunung Merbabu dan Telomoyo. Keduanya terkenal pemurah dan suka menolong sehingga sangat dihormati oleh warga di sekitarnya.
Namun sayangnya, pasangan tersebut belum dikaruniai anak. Pada pagi hari yang cerah, Nyai Selakanta terlihat sedang duduk di teras rumah dengan raut muka yang sedih. Suaminya pun langsung mengahampirinya dan menanyakan keadaan istrinya itu. Istrinya bercerita bahwa ia merasa kesepian ketika sang suami sedang pergi. Ia ingin membesarkan anak juga, ujarnya.
Ki Hajar menghibur istrinya agar tidak bersedih, ia berjanji akan berusaha sekuat mungkin. Keesokan harinya, Ki Hajar pergi ke lereng gunung Telomoyo untuk bertapa. Berbulan-bulan Ki Hajar pergi bertapa. Waktu bertapa yang cukup lama membuat Nyai Selakanta cemas akan kondisi suaminya.
Kecemasan sirna ketika suatu hari Nyai Selakanta tiba-tiba hamil. Semakin hari perutnya membesar, dan tibalah saat melahirkan. Betapa terkejutnya dia bahwa yang ia lahirkan bukan manusia melainkan seekor naga. Iapun menamai anak itu Baru Klinting yang artinya keturunan Brahmana dan lonceng.
Baru Klinting yang berwujud naga tetap dapat bicara layaknya manusia. Nyai Selakanta merasa sedikit kecewa dan malu karena anaknya bukan manusia normal melainkan seekor naga. Oleh karena itu Baru Klinting dirawat secara diam-diam dan tidak boleh keluar dari rumah. Pada akhirnya, Nyai Selakanta mengasingkan Baru Klinting ke Bukit Tugur yang jaraknya sangat jauh.
Seiring waktu yang terus berjalan, Baru Klinting tumbuh menjadi remaja. Suatu hari ia bertanya kepada Ibunya apakah ia memiliki ayah. Nyai Selakanta terkejut dan akhirnya iapun mengatakan yang sebenarnya. Bahwa ayahnya sedang bertapa di lereng gunung Telomoyo. Kemudian Nyai Selakanta menyuruh anaknya untuk menjemput ayahnya.
Baru Klinting meminta kepada ibunya agar diberikan tanda yang dapat digunakan sebagai bukti bahwa dialah anaknya karena takut tidak percaya dengan wujudnya saat itu. Nyai Selakanta memberikan pusaka sebuah tombak milik Ki Hajar kepada Baru Klinting.
Sesampainya di lereng gunung Telomoyo, ia memasuki gua dan menemukan ayahnya sedang bertapa di sana. Seperti dugaan di awal bahwa ayahnya tidak percaya Baru Klinting adalah anaknya. Namun setelah Baru Klinting menunjukkan pusakanya, Ia mulai percaya. Akan tetapi Ayahnya masih ragu, disuruhlah Baru Klinting mengelilingi gunung Telomoyo. Karena kesaktiannya, Baru Klinting berhasil mengelilingi gunung Telomoyo.
Ki Hajar akhirnya percaya bahwa naga tersebut adalah anaknya. Setelahnya Ki Hajar menyuruh anaknya untuk bertapa di Bukit Tugur agar kelak tubuhnya berubah menjadi manusia.
Di tempat lain ada sebuah desa bernama desa Pathok. Desa Pathok terkenal sangat makmur namun warganya angkuh. Desa ini hendak mengadakan pesta sedekah bumi setelah panen. Para warga beramai-ramai menuju bukit Tugur untuk berburu binatang.
Ketika sampai di bukit Tugur mereka menemukan seekor naga yang sudah pasti adalah Baru Klinting yang sedang bertapa. Tanpa pikir panjang, Warga beramai-ramai menangkapnya dan memotong dagingnya kemudian dibawa pulang. Mereka memasak daging tersebut dan menjadikannya hidangan di pesta.
Saat pesta sedang berlangsung, ada seorang anak dengan tubuh yang penuh luka yang merupakan jelmaan dari Baru Klinting. Karena lapar Baru Klinting ingin bergabung di pesta itu. Ia meminta makanan kepada warga, namun tak ada satupun yang memberinya makanan. Mereka justru memakinya bahkan mengusirnya.
Baru Klinting pun meninggalkan pesta itu dengan perut keroncongan. Di jalan ia bertemu seorang nenek bernama Nyi Latung. Ia bertanya mengapa Baru Klinting tidak ikut berpesta bersama warga lainnya. Baru Klinting berkata bahwa mereka mengusirnya karena jijik dengannya padahal ia sangat lapar.
Nyi Latung yang baik hati akhirnya mengajak Baru Klinting ke rumahnya dan memberinya makanan. Baru Klinting marah dan hendak memberikan pelajaran kepada warga atas sikapnya. Iapun berpesan kepada Nyi Latung agar segera menyiapkan lesung jika mendengar suara gemuruh.
Baru Klinting kembali ke tengah keramaian pesta dan menancapkan sebuah lidi. Ia berseru lantang kepada seluruh warga, menantang siapapun untuk mencabutnya. Mulai dari anak-anak, perempuan, hingga para kaum laki-laki tak ada satupun yang dapat mencabutnya.
Baru Klinting pun dengan kesaktiannya berhasil mencabut lidi tersebut.
Terdengar suara gemuruh besar setelah lidi itu tercabut. Tak lama kemudian keluar air yang menyembur dari lubang bekas tancapan lidi tadi. Air itu menyembur semakin deras dan menjadikan Desa Pathok kebanjiran. Seluruh warga tenggelam tak sempat menyelamatkan diri dari banjir yang telah merendam seluruh Desa Pathok. Hingga terbentuk sebuah danau yang dinamai Rawa Pening.
Sementara itu Baru Klinting selamat karena segera menaiki lesung bersama Nyai Latung. Setelah peristiwa itu, Baru Klinting berubah kembali menjadi naga untuk menjaga Rawa Pening.